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排污许可证制度是指凡是需要向环境排放各种污染物的单位或个人，都必须事先向环境保护部门办理申领排污许可证手续，经环境保护部门批准后获得排污许可证后方能向环境排放污染物的制度。
总量控制是污染物排放总量控制的简称，它将某一控制区域作为一个完整的系统，采取措施将排入这一区域内的污染物总量控制在一定数量内，以满足该区域的环境质量要求。总量控制包括环境容量控制和目标总量控制，前者根据环境本身容纳污染物的能力来确定向环境中排放的污染物的数量，后者根据某一时期环境污染状况来设定向环境排放的污染物的数量。我国的总量控制一般是目标总量控制。
总量控制是一种宏观、目标性的政策，只提出一种实现污染物排放控制的思路及目标，没有具体的实现方法和手段，必须结合其它相关制度才能实现环境目标。排污许可证制度正是这样一种制度。它将污染物总量控制作为一项重要内容，规定污染物的种类、数量和去向，是实施总量控制的重要手段。同时，排污许可证制度具有独立性，既可适用于浓度控制，也是唯一强调总量控制的制度。既可以管理一般污染物，也可以管理实行总量控制的重点污染物。
总之，总量控制是排污许可证制度的一项特殊要求，有其特定的使用范围，并不适用于所有排污行为，而排污许可证制度适用于所有排污行为的全过程管制。